
Lorsqu'aucune nourriture n'est absorbée, l'organisme est contraint de puiser en lui-même ses sources d'énergie. Il va d'abord utiliser le glucose du glycogéne, une molécule de réserve contenue dans le foie (glycogénolyse), puis les acides gras des tissus adipeux et enfin, les protéines musculaires (d'où la "perte de muscle"). Le corps, le cerveau et les tissus nerveux ont besoin de glucose (glycolyse) pour un métabolisme normal (en régime normal, le cerveau consomme environ 1 gramme de glucose par heure). Une fois le glucose transformé, le métabolisme du corps est donc en carence.
Une alternative vers une autre source d'énergie peut être faite, cependant, certaines parties du cerveau ont besoin exclusivement de glucose, et des protéines sont nécessaire à sa production. Si le manque de protéines devait se prolonger, la mort s'ensuivrait.
Herbert M. Shelton a supervisé durant une période de plus de 50 ans des patients jeûnant à l'eau uniquement jusqu'à 90 jours ; selon lui, après une période approximative de trois jours de jeûne, la sensation de faim devient habituellement très peu fréquente ou disparaît complètement. Shelton déclara que la faim ressentie durant les trois premiers jours du jeûne est due à une "irritation gastrique" et n'est pas une « véritable faim ». Une deuxième faim apparaît une fois que le corps a brûlé toutes ses ressources (en général au bout de 3 semaines), c'est à ce moment que le jeûne doit être stoppé, pour éviter tout dégât irréversible et permanent à l'organisme.
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